En el interior de la provincia de Oxapampa existen distintas áreas naturales protegidas: el Parque Nacional Yanachaga Chemillén, zona núcleo de la BIOAY, junto con la Reserva Comunal Yanesha; el Bosque de Protección San Matías San Carlos; las áreas de conservación ambiental Bosque de Sho’llet y Ameerega La Colina.

También existen las áreas de conservación privada (ACP) Potsom Posho’ll y Bosque Encantado de Sho´llet y, junto a otras iniciativas de conservación privada, forman un gran corredor biológico que conserva más de 312 000 hectáreas de bosque, hábitat de distintas especies, muchas de las cuales se encuentran bajo alguna categoría de amenaza. 

Dentro de la BIOAY existen organizaciones que vienen trabajando en investigación y desarrollo sostenible. Es el caso del Jardín Botánico de Missouri que, desde hace varios años, investiga la naturaleza dentro de las áreas naturales protegidas. Ocurre lo mismo con el Instituto del Bien Común (IBC), que promueve la conservación de bosques en las zonas de interés hídrico a través de su programa “Guardianes del agua”, importante para posicionar los mecanismos de retribución por servicios ecosistémicos (MERESE) en la región.  

La Red de Iniciativas de Áreas de Conservación de Oxapampa (RIACO) agrupa a 15 áreas de conservación, entre las que destacan las ACP Bosque de Churumazú, Fundo Las Neblinas, Potsom Posho’ll, El Palmeral, fundo La Gorda, Tierra de Bosques, Ulcumano Ecolodge, entre otras.